python - Is matplotlib scatter plot slow for large number of data? - Stack Overflow

そもそも、大きいレコード数に対して散布図を作成するメリットがないので、高速化もされていないとのこと。
解決方法として、ランダムサンプリングなどでレコード数を減らす。

pandasの行・列をランダムサンプリング(抽出)するsample note.nkmk.me