python - Is matplotlib scatter plot slow for large number of data? - Stack Overflow
そもそも、大きいレコード数に対して散布図を作成するメリットがないので、高速化もされていないとのこと。解決方法として、ランダムサンプリングなどでレコード数を減らす。
pandasの行・列をランダムサンプリング（抽出）するsample note.nkmk.me