Aborting : [dir name] is not a valid Git repository..

解決法

.gitディレクトリが実際にディレクトリかを確認する。

$ cat .git

git submoduleを使っていると、.gitがただのファイルであり、実態が存在するディレクトリが記載されている。 .gitに

gitdir: [hoge]

な記載があるのなら、bfgには[hoge]を直接指定する。

$ bfg --delete-files fuga [hoge]