解決法

.gitディレクトリが実際にディレクトリかを確認する。

$ cat .git

git submoduleを使っていると、.gitがただのファイルであり、実態が存在するディレクトリが記載されている場合がある。 .gitに 

gitdir: [hoge]
な記載があるのなら、bfgには[hoge]を直接指定する。 
$ bfg --delete-files fuga [hoge]