解決方法→PDF ファイルに出力して文字を選択すると四角が表示する AutoCAD Autodesk Knowledge Network
テキストボックスにメタデータが付随しているのが原因らしい。Skimで開くと黒で囲まれた状態で表示される。自分の用途では、出力されたPDFをPowerPointで編集したかったのだけど、PowerPoint上では囲みなしで表示されていたのでOK。